نماز آیات دو رکعت است و در هر رکعت پنج رکوع دارد. دستور آن نیز این است که انسان بعد از نیت تکبیر بگوید و یک حمد و یک سوره تمام بخواند و به رکوع برود و سر از رکوع بردارد و دوباره یک حمد و یک سوره بخواند. باز به رکوع برود تا پنج مرتبه ، بعد از بلند شدن از رکوع پنجم ، دو سجده نماید و برخیزد. رکعت دوم را هم مثل رکعت اول به جا آورد و تشهد بخواند و سلام دهد.
همچنین مى تواند به جاى خواندن سوره تمام ، یک سوره را پنج قسمت کند و یک آیه یا بیشتر از آن را بخواند و به رکوع برود و سر بردارد و بدون این که حمد بخواند، قسمت دوم از همان سوره را بخواند و به رکوع برود؛ همین طور تا پیش از رکوع پنجم سوره را تمام نماید.

آداب نماز آیات عبارتند از:
1 - در نماز آیات مستحب است که به جاى اذان و اقامه ، سه مرتبه به قصد امید ثواب ، بگوید: ((الصلاة ))
2 - مستحب است که نمازگزار بعد از رکوع پنجم و دهم بگوید: ((سمع اللّه لمن حمده )).
3 - مستحب است نمازگزار پیش از هر رکوع و بعد از آن تکبیر بگوید؛ ولى بعد از رکوع پنجم و دهم ، گفتن تکبیر مستحب نیست .

4 - مستحب است که انسان پیش از رکوع دوم ، چهارم ، ششم ، هشتم و دهم ، قنوت بخواند و اگر فقط یک قنوت ، پیش از رکوع دهم بخواند کافى است .

5 - مستحب است که حمد و سوره نماز آیات به (بلند) خوانده شود.

6 - در نماز آیات مخصوصا براى کسوف خورشید مستحب است که انسان نمازش را طول بدهد.
7 - مستحب است که در نماز آیات خصوصا در کسوف خورشید، سوره هاى طولانى مانند یس ، روم و کهف و امثال آن خوانده شود.

8 - مستحب است که نمازگزار بعد از نماز آیات تا باز شدن قرص ، در محل نماز بنشیند و مشغول دعا و ذکر شود.
9 - اگر تا باز شدن قرص وقت است مستحب است که نماز را دوباره خواند.

10 - مستحب است که نماز آیات به جماعت خوانده شود.

11 - براى قضاى نماز آیات ، مستحب است که نمازگزار غسل کند